防治莖腐病，應采取綜合防治的辦法：
一是選擇地下水位較低，排水良好的地作苗圃，容器育苗，必須用無病原菌的土壤配制營養土堅持輪作制度，不在同一塊地連續培育同一種苗木。
二是殺死病原菌。莖腐病菌是一種土生病菌，平時在土壤中營腐生生活。育苗前可用枯枝、枯葉、干草均勻撒在苗床上，點火焚燒，可殺死土壤中的病原菌。也可每畝苗圃地施入石灰粉25公斤或硫酸亞鐵粉15至20公斤，以抑制病原菌。湖南花木
三是施用腐熟肥料。肥料以農家肥為主，化肥為輔。垃圾肥和堆肥、廄肥可能帶菌，應堆置發酵腐熟后才能使用。一般每畝苗床施腐熟的精牛欄糞40至50擔。用草木灰做基肥，每畝50至60擔，肥效好，防病效果也好。
四是在高溫季節搭蔭棚，可降低苗床溫度，可使發病率減少85%以上。
五是提高幼苗抗病力，及時中耕除草、間苗、追肥使幼苗出土整齊，生長健壯。出苗期開始，每畝苗圃用波爾多液50至75公斤噴灑幼苗，使幼苗外表形成保護膜，防止病菌侵入。發病后，及時清除病苗，在病苗穴周圍撒石灰粉，以防止蔓延。在苗床上插松枝，或在苗圃上套種農作物或綠肥，干旱時灌水抗旱，對降低發病率也有一定的作用。湖南花木
