許多研究表明，根癌病菌可長時間存活在受污染的土壤中，從植株的傷口侵入，隨苗木的調運進行遠距離傳播，是土傳、苗傳的細菌性病害。根癌菌具有特殊的致病機制，一旦有根癌癥狀表現，再用殺菌劑將難以抑制植株體的增生，更無法使腫瘤癥狀消失。因此，根癌病的防治必須要“預防為主，綜合防治”。
(1)利用K84菌，防治根癌病 桃樹田間試驗表明，利用K84菌株處理根癌病，可降低發病率百分之90.5；用K84菌劑處理櫻桃苗木，可使病發率降低到百分之0.5，而且腫瘤個體明顯小于對照區；蘋果的室內和溫室研究表明，K84菌株對所有供試根癌菌均有顯著的抑制作用。果樹發芽前后，樹下施入K84菌株，每株用量2-3公斤，既有療效又有防效。生防菌K84、K1026應用廣泛，且在生產上有持續長效的有益菌株，它對桃樹及近緣的核果類果樹的根癌病防治效果優異。
(2)利用“殺菌優”灌根 幾年來，北京市積極推廣300倍“殺菌優”灌根技術，取得了良好防效。使病株恢復正常長勢，根瘤逐漸萎縮碳化。研究認為，“殺菌優”是新一代季銨鹽型殺菌劑，它可強力吸附于各種細菌、真菌，病毒的表面，改變細胞的通透性，使菌體內的酶，輔酶和中間產物被破壞，妨礙菌類呼吸及糖酵解過程，造成菌體蛋白變質，使微生物失去生存的物質基礎并窒息而死。 除上述措施外，還要對苗木進行定植前藥物處理，如使用300倍農用鏈霉素浸根，栽培過程及管理期間要盡量減少人為傷口。對于已經出現癥狀的植株，應先刮除腫瘤后再用藥劑殺菌、保護傷口的方法來減輕危害
