一、注意選擇藥劑的劑型
所選藥劑一定要溶于水。不能用粉劑浸種，因為粉劑不溶于水，藥粉浮于水面或下沉，種子沾藥不勻，達不到浸種滅菌的效果。
二、準確配制藥液
浸種所用的藥劑濃度不是根據種子重量計算的，一般按照藥劑的有效成分含量計算。浸種的藥劑濃度一般和浸種時間有關，濃度低時浸種時間可稍長一點，濃度高時浸種時間要縮短，如果不準確掌握好濃度，就容易發生藥害或降低浸種效果。
三、充分攪拌
種子放入藥液中要充分攪拌，以排除藥液內的氣泡，使種子與藥液充分接觸，提高浸種效果。
四、藥液面要高出種子
在浸種時，藥液面要高出種子16厘米以上，以免種子吸水膨脹后露出液面，降低效果。
五、掌握好浸種時間
時間過長會產生藥害，過短則達不到消毒的目的。具體浸種時間應根據藥品使用說明進行操作。
六、要注意浸過的種子是否需沖洗和晾曬
對藥劑忍受力差的種子在浸過后，應按要求用清水沖洗，以免發生藥害。如果沒有具體說明浸后水洗的就不必水洗。無論需要還是不需要水洗，一般浸后都應攤開晾干。但有的也可以浸后直接播種，這要根據農藥種類和土壤墑情而定。
