消毒最常用的方法有蒸汽消毒和化學藥品消毒。
1.蒸汽消毒。此法簡便易行，經濟實惠，安全可靠。凡在溫室栽培條件下以蒸汽進行加熱的，均可進行蒸汽消毒。方法是將基質裝入柜內或箱內（體積1立方米～2立方米），用通氣管通入蒸汽進行密閉消毒。一般在70℃～90℃條件下持續15分鐘～30分鐘即可。
2.化學藥品消毒。所用的化學藥品有甲醛、甲基溴（溴甲烷）、威百畝、漂白劑等。
